エンコードと同時に自動でファイルをFTP転送できますか？

可能です。FTP配信機能（※）を有効にすることで、エンコードまたはトランスコードで生成されたファイルを自動で１つまたは複数のFTPサーバーへの転送（アップロード）が可能になります
※FTP配信機能はStream FEに含まれる機能です
ただし実際にFTP転送が行われるのはエンコード処理の完了後となります。エンコード処理中にFTP転送を行うことはできません

対応製品：　Streamエンコーダ（要Stream FE）、Stream HDエンコーダ、エンコードONE PRO 2 STUDIO、DRC-Stream（要Stream FE）